סיפורה של להקת אינדיגו מתחיל באילת של תחילת שנת 2000. ההופעות הראשונות של להקת הנוער (שנקראה אז TSB, פרויקה, ולבסוף – כת השפן ב-2002)  נערכו בעיקר במסגרת ערבי להקות ומסיבות בית-ספר. השיר הגנוז "קורא לך" נחשב לשיר המקורי הראשון של הלהקה, ונוגן פעם אחת בערב להקות. הלהקה החלה בעבודה על חומרים מקוריים בעודה מתקדמת להופעות גדולות יותר באילת, בנוסף למופעי חימום לאמנים כמו רוקפור, עברי לידר, דיאליזה בארץ הפלאות ועוד. כמו כן, העלתה מופע הצדעה ללהקות הצבאיות עם עיבודים מיוחדים שזכה להצלחה רבה גם מחוץ לאילת, שם הפכה בינתיים ללהקת הבית של פאב ההופעות המוכר "היאכט-באר". ב-2003 הופיעה לראשונה בעיר הגדולה ת"א במועדון המוסד.

במאי 2003, הרכב הלהקה משתנה כאשר נדב אוטמזגין הצטרף ללהקה בעמדת הבסיסט; צמד הגיטריסטים אור בן ציון ואייל ברזני הוחלפו בגיטריסט תמיר בן-לולו (סקסטזי, God's Sin). ב-2005 החלה הלהקה להקליט באולפני ה'קופסא'. בשבוע אחד הוקלטו 6 שירים לאלבום הבכורה של הלהקה. בחודש אפריל הוחלף שוב הגיטריסט לאוהד לוי ושונה שם הלהקה ל'אינדיגו'. ביוני 2005 זכתה הלהקה בתואר "הלהקה הטובה ביותר באיזור אילת והערבה" בתחרות שנערכה בפאב האנדרגראונד ובה שפטו נציגים מנענע דיסק, פונוקול ואמנים כגון ניר פרידמן ועוד. לקראת סוף השנה חזרה הלהקה להקלטות, הפעם באולפני 'ברדו' בת"א והופיעה בפסטיבל "העיר האדומה" הענקי בחוף הדקל באילת אל מול קהל של 4000 איש..

באוקטובר 2005 הגיעה למקום השלישי בתחרות הלהקות "המוזה של בראשית". הלהקה עומלת על אלבום הבכורה הצפוי לצאת ב-2006.