תחילתה של אקרופוליס ב-2001, עת הקימו דניאל וורפולומייב (שירה, גיטרה), אלעד מנור (גיטרה), רן בולדור (באס) ואמיר שחם (תופים) רביעיית פאואר-פרוגרסיב מטאל בשם Area 51. לאחר כמה הופעות, התקשה דניאל לאייש את תפקיד הסולן והגיטריסט ולכן צורף סולן בשם גולן שי. לאחר גיוסו של רן, נכנסה הלהקה לתקופת הקפאה.

ב-2002 היא שבה לפעולה כשישיה, לאחר שאלעד מנור עבר לעמדת הבאס, אסף דויד צורף כגיטריסט שני, דרור "שוקו" פאר גויס כסולן ודנה אילון התמקמה על הקלידים. כל אחד מהלהקה הגיע מרקע מוסיקלי שונה - מFאנק והג'אז של דרור דרך הסגנון הקלאסי של דנה ועד הדת' מטאל של אסף ואלעד. מישמש זה הרחיב את רפרטואר הלהקה והעשיר את סגנונו, שהפך מלודי יותר. הופעת הבכורה של הרכב זה נערכה בפסטיבל אקסטרים 2002 בתל-אביב.

לאחר הופעה נוספת בירושלים, נכנסה הלהקה לאולפן להקליט שיר ראשון בשם "Hear the devil comes", כאשר שם הלהקה שונה רשמית לאקרופוליס. לאחר הקלטת השיר, שוב נטלה הלהקה פסק זמן מפעילות, שהסתיימה בהקלטת שיר נוסף, Majesty. שני השירים יצאו בדמו בשם "Hear the devil comes" ששוחרר לרשת בלבד. שיר הנושא שלו בוצע לראשונה בערב מחווה ללהקת מגאדת'. ב-2003 עזב שוקו את הלהקה ובהמשך הצטרף אל Solstice Coil ואל החדשות. את מקומו תפס דרור לוקאץ', אך גם ליין-אפ זה לא ארך ימים והלהקה שוב הוקפאה עקב גיוסם של חברים אחרים.

בינתיים המשיכו אלעד ודניאל להשחיז את כישוריהם בפרוייקטים הנוספים בהם חברו - The Fading וערפל בהתאמה. הקשרים בין הלהקות התחזקו והרעיון להקים מחדש את אקרופוליס שב לחיים. שיתוף הפעולה הראשון ביניהן התקיים ב-2005 כאשר דניאל וחברו לערפל אלכס קרלינסקי (קלידים) חברו לאלעד מנור וחברו ל-The Fading שקד פורמן (תופים) כאשר על המיקרופון מופקד יוחאי דוידוף (לשעבר סולן DamnNation). הרכב זה הקליט את הסינגל Lead the Wake, שנכלל כעבור שנתיים באי.פי הראשון של הלהקה, The Aftermath. האי.פי הוקלט בארץ ובפינלנד.