נכון לתחילת שנות האלפיים עמר, אלמן, אב לארבעה וסב לעשרה, מתגורר לבדו במושב יד רמב"ם שליד רמלה. הוא נוסע לעיתים קרובות לביתו בלוס אנג'לס שם מתגוררים ילדיו ובני משפחותיהם. הוציא ב-2000 אלבום חדש לאחר 30 שנה בהם לא הוציא אלבום בישראל. האלבום, התזמורת האנדלוסית מארחת את ג'ו עמר, מביא את להיטי הקלאסיקה של עמר כמו "ברצלונה", "השיכור" ועוד, בלבוש קלאסי מזרחי. הוא לא הוציא שנים רבות אלבומים בארץ מאחר והתמקד בנושא החזני המרוקאי- אנדלוסי, וויתר כמעט בכלל על קריירה של זמר.
עמר שוקד על הוצאת אוסף של כל אלבומיו ("אי אפשר לדעת כמה אלבומים יצאו. כל מי ששר באותה תקופה לא יכל לדעת כמה אלבומים יצאו לו" אמר עמר), ועל אלבום שיכלול שירים חדשים אותם כתב והלחין על עוד. בנוסף הוא משלים צילומי סרט דוקומנטרי על חייו. במהלך הצילומים חבר לאביהו מדינה לביצוע דואט מיוחד. הוא כתב ספר אוטוביוגרפי על חייו. "הספר יכלול את רשימת שירי ותוויהם, יומן מסעותיי ברחבי העולם, אוטוביוגרפיה אישית וגם מתכונים מיוחדים שלי לכל מיני מאכלים"(עמר).
בסוף שנת 2000 ערך מופע יחיד בהיכל התרבות עם התזמורת האנדלוסית כשעמיר בניון היה זמר חימום.
את כברת הדרך שעבר קשה לסכם, עמר מסמל עבור רבים את המוזיקה המזרחית האותנטית, בעיקר עבור יוצאי צפון אפריקה. כבר שלושים שנה הוא מתגורר בארצות הברית ומופיע בפני קהילות יהודיות מקומיות.
