יונתן קרצ'מר נמנה על חבורת מוסיקאי הג'אז המובילים בירושלים, המפוזרים בהרכבים כ-Funkulo, אנומה אליש, הקראוון של רן, רווח כפול ועוד. ביניהם עידו בוקלמן, אהוד אטון, דניאל פיינגולד, יונתן אלבלק, ניתאי לוי, דניאל ספיר ואחרים. התמחותו של קרצ'מר על הסקסופון החלה בגיל 14 בישראל ומאוחר יותר בבית הספר האמריקני למוסיקה מודרנית בפאריס. עם שובו לארץ, קיבל השראה מארני לורנס, האיש והאגדה הירושלמית, שהרים לבדו את סצינת הג'אז הירושלמית על הרגלים. ב-2006 הצטרף להרכב הג'אז פיוז'ן עכברושים, עמם הקליט את אלבום הבכורה Afternoon High.
הג'אז של קרצ'מר מהלך בין אוונגארד למוזיקה קלאסית עכשווית. לשם תרגום חומריו אל הבמה, גייס לעזרו טריו (עם הויולן נורי יעקובי והמתופף חגי פרשטמן), רביעיה (עם הקלריניסט ניתאי לוי, הבאסיסט שי רן והמתופף חיים פסקוף) וחמישיה (עם הויולן דניאל תנחלסון, הצ'לנית נטע כהן שני, הבאסיסט אהוד אטון והמתופף דניאל פיינגולד), אותה כינה New Dilemma. עם הרכב זה הקליט גם את אלבום הבכורה שלו, Yonatan Kretzmer's New Dilemma, שראה אור בתחילת 2009.